また、戦国時代後期から江戸期初期、山田長政らのような東南アジアに渡った人々（彼らは、日本の鎖国政策によって、宗教・思想的に汚染されているとして、日本入国も出来なくなり、結局国外に取り残された。有名な東南アジアの日本人町として、タイのアユタヤやベトナムのホイアン等があった）も多くいた。
また日本の江戸時代初期の1623 年、イギリス・オランダの香料交易地の争奪紛争地である、現インドネシア・モルッカ諸島のアンボン島でのアンボン事件でイギリス商館の日本人傭兵が殺されたとあるから、これまた当時多くの日本人が東南アジアにいた事の証拠となろう。
鎖国下の江戸時代、意図せず漂流して外国に漂着した大黒屋光太夫・ジョン万次郎、幕末の長州ファイブ（国禁を犯して、イギリスに幕府に隠れて密航留学した長州藩の伊藤博文らのグループ。伊藤博文の師吉田松陰は、国禁を犯し海外に渡り見聞を広めたいと来航してきたペリーに頼み、ペリー艦隊・黒船で密航しようとして、ペリーに断られ失敗したが）、ペリーに押し切られ幕末限定的開国後、幕府が派遣したオランダ留学生（榎本武揚・西周ら）、日米修好通商条約批准書交換のため幕府の使節として渡米した人々（勝海舟・福沢諭吉ら）がいる。
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