「反逆者」の処分
しかし新政府はその一方で、藩主の身代わりとして、各藩の「反逆首謀者」なる者を処刑するとし、各藩にその名前を届け出るよう命じた。1869年に入ると、各藩からその届出がなされた。
新政府は、すでに戦死した者あるいは自刃した者でもよいとしたため、死者の名を届け出る藩も少なくなかったが、何人か生存者の中から処刑される者が出た。その届出と、新政府によるその処罰の状況は、次の通りである。
会津藩 家老 田中土佐 すでに自刃
〃 神保内蔵助 〃
〃 萱野権兵衛 1869年5月18日斬首
庄内藩 中老 石原倉右衛門 すでに戦死
仙台藩 奉行 坂英力 1869 年5月19日斬首
〃 但木土佐 〃
米沢藩 家老格 色部久長 すでに自刃
南部藩 家老 楢山佐渡 1869年6月23日斬首
長岡藩 〃 河井継之助 すでに戦病死
〃 山本帯刀 すでに斬首
山形藩 〃 水野元宣 1869年5月20日斬首
村上藩 〃 鳥居三十郎 1869年6月25日斬首
村松藩 〃 堀右衛門三郎 1869年5月24日斬首
軍事役 斉藤久七 〃
棚倉藩 家老 阿部内膳 すでに戦死
二本松藩 〃 丹羽一学 すでに自刃
用人 丹羽新十郎 〃
すでに死亡している者については、「斬ニ擬シテ其後ヲ絶ツ」とされた。仙台藩については、この届出の後、藩政の指導権を巡って内紛があり、新政府に対し「まだ罪人がいる」との訴えがあった。このため、新政府も捨てておけず、改めて鎮撫使を派遣、その結果、誣告された奉行の和田織部、近習の玉虫左太夫などの7名が追加で殺されることになってしまった。