日本への渡来は、王朝時代と言われ、朝鮮半島を経て伝来したものと推測されているが、天平七年（七三五年）に吉備真備（六九三～七七五年）が中国から持ち帰ったというのが通説となっている。ただし、持統天皇（六九〇年即位～六九七年退位）三年の時、碁と双六を禁じていたので、もっと早くから伝わっていた可能性もある。
また、正倉院には聖武天皇（七二四年即位～七四九年退位）愛用の碁盤も残されている。万葉集には、碁師という碁に秀でたもののことが出ているし、源氏物語の「竹河」の中にも、美しい姉妹が庭の桜の木を賭けて碁を打つくだりがある。
日本人の囲碁、双六、博打好きは、奈良朝以前からの伝統と言える。しかし、この時代、碁はあくまで貴族の遊戯であり、一般庶民の間で打たれた形跡は殆どない。わが国に残されている最古の棋譜（対局手順の記録）は、日蓮（一二二二～八二年）と日朗（一二四三〜一三二〇年）が打ったものと言われているが、初めに黒石を天元（碁盤中央にある星）に置き、その後四隅に白黒の石を置いて打ち始めている。
かくして王朝以来、約千年の歴史を経て、碁は益々隆盛の途を辿ることになる。特に戦国時代、信長、秀吉、家康など天下の武将もこよなく碁を愛したと伝えられている。当時は、碁を単なる遊戯として楽しむだけでなく、あらゆる軍略に用いたという。
真田一族など碁によって軍法学を習得したと言われている。天正十年（一五八二年）六月、折から京都本能寺に滞在していた織田信長は、家臣明智光秀の謀反によって自刃するが、その前夜自分の面前で打たれた、日海と利玄坊の碁の中に珍しく三劫ができたという有名な伝説がある。以来、碁で三劫ができると、不吉な出来事が起こると言われるようになった。
プロの碁でも、数万局に一回起こると言われているが、現在では規定上、無勝負となっている。
死に臨んで信長は「碁なりせば、劫なと打ちて生くべきを、死ぬるばかりは手もなかりけり」と言ったと伝えられていたが、後にこれは後述の日海の作と言われるようになった。
